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Ubuntu下的软件安装–staden

最近从Windows迁到Ubuntu,其中很多软件都不一样了。


一一更新,发现以很多软件的功能不比windows差,甚至更强,但是要熟悉起来要花不少的时间。在安装的过程,google了很多文章介绍,但是经常是一些过期的文章,针对过期的版本,或者过期的操作系统,看了以后安装了,结果反而是不对的。非常的遗憾。


所以找资料的时候,要看好是版本,系统,或者有没有更全面的文章。


我的系统是Ubuntu 7.10
先列一下我安装的软件列表:
综合性的软件有以下的:
openoffice.org
GIMP
DIA
pidgin
emacs
mysql
pdfedit
acrobat reader
综合性软件大部分安装都很顺利,其中pidgin好象是自己编译的。其它都是
sudo apt-get install xxxx


生物专业的软件:
bioperl
emboss(Jemboss)
staden package
blast
clustal
R
texLive2007(kile)
emacs
其中texLive是以前下的,在windows下安装用的是同一张光盘。


要注意的是emboss和staden二个软件。


其中emboss的安装,因为需要Jemboss所以下了以后在jemboss的文件夹里有安装文件的。在EMBOSS-5.0.0/jemboss/utils下有一个叫install-jemboss-server.sh的文件,安装一步一步下来就行了。每一步的参考在jemboss的上有介绍。


staden其实是不用安装的。只要下载了就可以直接运行,不过要设置运行的时选项。 

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