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Ubuntu系统平台下Gamit10.3下载及安装详解

Gamit10.3的源码Linux公社(LinuxIDC.com) 2 号FTP服务器上,大家可以到那里去下载,Gamit源码下载地址:(总共120多M)。具体见http://www.linuxidc.net/thread-1186-1-1.html


相关专题 http://www.linuxidc.com/gamit/


完成下载之后,还不能马上进行安装,因为还需要一个基于Unuix或者Linux的操作系统才能进行安装,我个人是使用Ubuntu操作系统进行的安装,各位如果也和一样,准备用该操作系统安装Gamit的话,那就可以按照我以下的介绍进行安装,其他的安装方法,就只有靠各位的搜索功夫了!


在这里我个人使用了VMware虚拟机安装Ubuntu操作系统,但不管怎么安装,只要安装好Ubuntu就可以!


详细步骤:
1.安装ubuntu;
2.ubuntu的相关更新[语言包]
3.开启root用户权限制并安装csh
4.安装准备工作
5.安装GAMIT
6.配置csh.cshrc


上面所示的前两步我就不讲了,大家可以参照一下【Linux公社 www.linuxidc.com 】的一些其他文章,我主要就讲一下Gamit具体的安装方法。


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//1.root权限更改及登录
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1)获得root权限


我们在使用Gamit的过程中,要一直获得root权限,但是root权限在Ubuntu系统中不是默认开放的,需要大家自己去开放,下面就先进行root权限的获取。


在Ubuntu操作系统中打开终端(Terminal )——红色部分为自己进行输入部分:
   1. yangsq@my-laptop: ~$ sudo passwd root  
   2. Password:
then input yangsq’s passwd
Terminal
   1. Enter new UNIX password:  123 
   2. Retype new UNIX password:    123
   3. passwd: password updated successfully  
input the root passwd two times.OK
2) root权限登录


我个人使用的是Ubuntu 10.04版本的,故而在完成上一步骤过后,就可在注销,最好是重启Ubuntu系统,然后会出现下一界面:


Ubuntu


在这里我们选择other选项,然后下方就回提示输入用户名,我们就输入“root”,回车以后会要求输入密码,在这里我们就输入刚才我们更改的密码:“123”,回车以后,就会以root权限登录系统。

//2.安装前的准备工作


接下来输入以下命令(不分先后),完成Ubuntu的初步配置。
apt-get install gfortran,安装gfortran4.2编
译器及其依赖的全部软件包;
apt-get install libx11-dev,安装libx11-dev
软件包及其依赖的全部软件包;
apt-get install csh,安装csh;


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注意:csh shell
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ubuntu系统没有csh,默认为bash。因此要先安装csh。(这里的csh和bash是什么大家去其他地方查询一下,我就不再多说了)
ubuntu系统自带了gcc4.2,但是却没有安装gfortran编译器。而你安装时安装程序会调用默认的gfortran编译器,除非你指定gcc为你的编译器。
首先,以root身份登录,打开终端,输入
apt-get install csh
系统自动下载并安装csh
[
注意:这里的安装不一定能成功,还要在ubuntu的配置文件里面加入源服务器地址
/etc/apt/sources.list文件里面加入:
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty universe
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu breezy universe
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-security main restricted
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-security restricted main multiverse #Added by software-properties
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-security multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-proposed restricted main multiverse universe


deb http://cz.archive.ubuntu.com/ubuntu hardy-updates main universe
]


然后在终端中输入下面的命令,表示对软件源进行更新:


sudo apt-get update
******************************************************************


******************************************************************
apt-get install tcsh,安装tcsh;
apt-get install gmt,安装gmt4.2及其相关的软件包。


apt-get install g77
当你安装每一个软件包时,系统会为你安装和配置该软件包所必需的其他软件包,以及对本地相关软件包进行必要的升级,并建议和推荐你安装一些非必须安装的软件包。例如,当你安装gmt时,系统会为你安装gmt必需的软件包libnetcdf4,建议你安装gmt-doc-pdf、gmt-examples和gmt-tutorial-pdf,推荐你安装gmt-coastline-data、gmt-coast-low和gmt-doc。
TEQC目前还不能通过命令安装,你可以在其官方网站下载适当的版本,并解压缩到/bin或/usr/bin等系统目录即可。



在上面的准备工作安装完成后在终端输入:
chsh
提示
正在更改 root 的 SHELL
请输入新值,或直接敲回车键以使用默认值
       登录 Shell [/bin/bash]:
输入
/bin/csh
修改bash为csh。重新启动ubuntu,并以root身份登录,打开终端,输入
# echo $SHELL
返回s“/bin/csh”,说明SHELL修改成功。

//3.安装gamit


在完成上面的步骤过后,我们就可以开始Gamit的安装。


首先到Ubuntu系统中的opt文件夹下,建立一个名为Gamit_Globk的目录,然后将Gamit的源代码(先解压后)Copy到该文件夹下。


在终端中输入:cd /opt/Gamit_Globk进入安装目录,然后紧接着输入
./install_software或者输入csh install_software
安装程序install_software启动,搜索安装目录/opt/Gamit_Globk下的全部压缩文件,提示
GAMIT and GLOBK to be installed into /opt/Gamit_Globk
If you need help with command line options type CTL_C now and type
install_software -help on the command line
The compressed tarfiles will be removed after extraction of the
directories, but except for that, the script may be stopped and
rerun safely from any point.  Tarfiles to be uncompressed:
     com.10.32.tar.Z etopo5.grd.10.0.tar example.10.32.tar.Z gamit.10.32.tar.Z help.10.34.tar.Z kf.10.32.tar.Z libraries.10.32.tar.Z maps.10.1.tar.Z tables.10.32.tar.Z
Continue ? (y/n)
输入字母“y”,开始解压缩安装文件,
.. uncompressing and extracting the directories:
Do you want to apply incremental updates: incremental_updates.080812.tar.Z incremental_updates.080919.tar.Z incremental_updates.081022.tar.Z
Continue ? (y/n)
输入字母“y”,开始解压缩安装文件,
.. applying incremental updates:
.. adding /opt/Gamit_Globk/com to your search path to continue installation
To execute GAMIT and GLOBK you will need to set your login path to
include /opt/Gamit_Globk/com /opt/Gamit_Globk/gamit/bin /opt/Gamit_Globk/kf/bin
You will also need the alias or link gg –> /opt/Gamit_Globk
Your Operating System type is: Linux
Your default awk version is: /usr/bin/awk
These are the default paths to X11 found in Makefile.config
X11LIBPATH: /usr/lib/X11
X11INCPATH: /usr/include/X11
Searching your system for X11 installation
Found these paths to X11 libs and includes on your system
X11LIBPATH:  /usr/lib
X11INCPATH:  /usr/include/X11
Are these correct for your system?
Continue? (y/n)
此时先不要继续安装,进入/opt/gamit10.34/libraries/目录,修改Makefile.config中的一组参数,原文中的
MAXSIT 50
MAXSAT 32
MAXATM 13
MAXEPC 2880
将MAXATM改为25。回到终端,
输入字母“y”,提示
GAMIT dimensions in /libraries/Makefile.config are set to
   maxsit =  50
   maxepc =  2880
   maxatm =  25
   maxsat =  32
Are these defaults found in Makefile.config correct?
If NOT edit the Makefile.config now before choosing to contine
Continue ? (y/n)
输入字母“y”,开始安装。安装最后会提示
++++++++++++++++++
GLOBK installed
++++++++++++++++++
Create the gg link in your home directory to the version of
gamit/globk you just installed ? (y/n)
输入字母“y”,回车,显示
Making required ~/gg link to newly installed software
ln -s -f /opt/Gamit_Globk ~/gg
Don’t forget to set your : path to include /opt/Gamit_Globk/gamit/bin and /opt/Gamit_Globk/kf/bin
                          : HELP_DIR environment variable in you shell profile
                            (in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/Gamit_Globk/help/)
                          : INSTITUTE evnironment variable in your shell profile
                            (in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work)
                            where_i_work is a 3 character identifier for your solutions
—————————————————————-


我想各朋友在安装的时候有可能会出现如下所示的情况,比如说Error出现,说/usr/include/stdio.h中的getline函数冲突之类的,我在这里给出两种不是很成熟的做法:到上面所示的途径下找到该文件,然后打开,1)直接注释掉getline函数


                                                                                                                2)给getline函数重新取个名字


如图所示:




这个问题是在我安装的时候出现的,我在英文的网站上看到了一些意见,然后得出的这种解决方法,大家如果有更好的方法,请指正!

//4.配置[set gamitpath = /opt/Gamit_Globk]//这个路径根据用户安装位置决定,我这里就是 /opt/Gamit_Globk目录
—————————————————————-
Gamit/Globk安装完成后,要使软件能够正常使用,还要对“etc文件夹”下的csh.cshrc文件进行必要的配置,否则csh将无法在终端调用Gamit命令进行数据解算(即不能在任意文件夹下调用命令)。以下是我的安装下的csh.cshrc文件:
# This file is applicable to all C-shell users.
# set prompt
set prompt = “[`echo $cwd`]% “
set history = 50
set gamitpath = /opt/Gamit_Globk
set path = (. /bin /sbin /ect /usr/bin /usr/sbin /usr/ucb /usr/bin/X11 /usr/X11R6/bin $path)
set path = (. /usr/local/gmt/bin /usr/local/bin /usr/local/sbin /usr/local/lib /usr/lib $path)
#set path = (. /usr/local/gmt/bin /usr/local/bin /usr/local/lib /usr/ucb/ nfs r0 soft0 0  $path)
set path = (. $gamitpath/gamit/bin $gamitpath/kf/bin $gamitpath/com $path)
setenv HELP_DIR $gamitpath/help/
setenv PATH “/usr/sbin:/sbin:${PATH}”
setenv MANPATH  /usr/local/gmt/man:/usr/local/man:/usr/X11R6/man
setenv LIBPATH  /usr/local/gmt/lib:/usr/lib:/usr/local/lib:/usr/i386-glibc21-linux/lib
#set gcclib direction
setenv LD_LIBRARY_PATH  /usr/local/gcc-3.4.1/lib/


# set alias
alias cd  ‘cd \!*; set prompt = “[`echo $cwd`]% “‘
alias pwd ‘echo $cwd’
alias ls  ‘ls –classify’
alias ll  ‘ls -l’
alias la  ‘ls -a’
alias rm  ‘rm -i’
alias mv  ‘mv -i’

//5.验证安装是否成功


打开终端,输入一个Gamit的命令doy,如果能产生以下所示的内容,说明基本上已经安装好了:




我的安装方法还很简陋,希望大家能给出更好的方法,希望这篇能给大家带来一些方便,能少走一些我的弯路,同时希望有更多的人能投入到互联网的共享生活中来,大家分享!大家快乐!

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