感谢支持
我们一直在努力

Ubuntu 16.04安装Molcas(含DMRG模块)

重新安装的Ubuntu 16.04, 需要安装Molcas(包含其中的DMRG【QCmauqis】模块时)额外需要的软件包/库如下

1) 库
apt-get install gfortran
apt-get install cmake

apt-get install python-dev
apt-get install python-numpy
apt-get install python-scipy
apt-get install python-matplotlib

apt-get install libhdf5-*

2) GSL
需要下载编译,不过倒是很简单 按步骤一步一步来即可
http://www.gnu.org/software/gsl/

依赖的库全都配置好后,就可以编译了

编译之前,可以使用 ccmake ../ 再来调整一下配置
编译的时候,个人使用以下的参数
export MKLROOT=/opt/intel/mkl/
CC=gcc FC=gfortran cmake -DLINALG=MKL -DOPENMP=ON -DDMRG=ON ../

编译的过程中ALPS的程序库,QCmaquis都是自动下载的。所以编译过程中可能会稍微卡住一下,因为后台在下载两者的代码。
如果需要单独的DMRG程序的时候,需要与QCmaquis的开发组联系,很简单 发个邮件就可以的
http://www.reiher.ethz.ch/software/maquis.html
链接速度在国内也是还是很快的 (我是在NJU用的,跟在ETH的时候没有太大差别)

.bashrc配置可以参考以下
#Molcas and QCMaquis
source /home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin/qcmaquis.sh
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/bin:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python/pyeval:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#Molcas
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/sbin:$PATH

(记录一下 省着忘了还得看文档…)

* 安装完之后,如果采用cmake的话,可能会有以下问题
1)可能提示找不到molcas执行脚本
        直接cp sbin/molcas.driver  到 molcas 然后 chmod +x molcas 就可以了
2)可能提示找不到molcas安装路径
        ~/.Molcas/molcas 里面写上安装地址即可 其实molcas脚本里面看看就知道怎么回事了     
3)可能提示warning.plx丢失
      我的话,重新新建了个 放到安装目录的data里面就可以的 具体的原因还得问问其他人

# this is auto generated file. Do not edit!

$_RC_GROUP_AND_=          240;
$_RC_GROUP_INTERNAL_=      64;
$_RC_GROUP_WARNING_=        80;
$_RC_GROUP_ERROR_=          96;
$_RC_GROUP_USER_ERROR_=    112;
$_RC_GROUP_CRITICAL_=      128;
$_RC_ALL_IS_WELL_=          0;
$_RC_JOB_KILLED_=            1;
$_RC_CONTINUE_LOOP_=        64;
$_RC_INVOKED_OTHER_MODULE_= 65;
$_RC_CONTINUE_UNIX_LOOP_=  66;
$_RC_CHO_DUM_=              67;
$_RC_EXIT_=                68;
$_RC_EXIT_EXPECTED_=        69;
$_RC_DO_TASKS_=            70;
$_RC_GENERAL_WARNING_=      80;
$_RC_NOT_CONVERGED_=        96;
$_RC_TIMEOUT_=            100;
$_RC_INPUT_ERROR_=        112;
$_RC_INPUT_EMIL_ERROR_=    113;
$_RC_LICENSE_=            114;
$_RC_CHO_INP_=            115;
$_RC_CHECK_ERROR_=        116;
$_RC_INSTALL_ERROR_=      117;
$_RC_INTERNAL_ERROR_=      128;
$_RC_EXTERNAL_TERMINATION_=129;
$_RC_GENERAL_ERROR_=      130;
$_RC_FLOATING_EXCEPTION_=  134;
$_RC_EXTERNAL_TERM_=      137;
$_RC_MEMORY_ERROR_=        139;
$_RC_IO_ERROR_WRITE_=      161;
$_RC_IO_ERROR_READ_=      162;
$_RC_CHO_MEM_=            163;
$_RC_CHO_INI_=            164;
$_RC_CHO_LOG_=            165;
$_RC_CHO_RUN_=            166;

更多Ubuntu相关信息见Ubuntu 专题页面 http://www.linuxidc.com/topicnews.aspx?tid=2

本文永久更新链接地址:http://www.linuxidc.com/Linux/2016-08/134127.htm

赞(0) 打赏
转载请注明出处:服务器评测 » Ubuntu 16.04安装Molcas(含DMRG模块)
分享到: 更多 (0)

听说打赏我的人,都进福布斯排行榜啦!

支付宝扫一扫打赏

微信扫一扫打赏